Numele orașului Berna fost menționat prima dată la 1 decembrie 1208. Originea numelui nu este însă până astâzi clarificat. Cea mai cunoscută legendă fiind cronica lui Konrad Justinger, unde se menționează că ducele Berchthold V de Zähringen care fi ucis un urs (Bär în germană), ar fi numit orașul "Berna".
Orașul Berna se află la o altitudine de 542m, în câmpia Elveției, câmpia fiind situată aproximativ în centrul țării. Peisajul din împrejurimi a fost format de ghețari în timpul ultimei glaciații.

Berna se află între doi munți: muntele Gurten cu o altitudine de 858 metri aflat în sudul orașului și muntele Bantiger cu o altitudine de 947 metri situat la est. Vechiul Observator astronomic din Berna constitue astăzi centrul istoric a Swisstopo a Elveției și este originea sistemului de coordonate elvețian (600 000/200 000), coordonatele internaționale fiind 46° 57' nord, 7° 25' est. Centrul orașului Berna este așezat pe o peninsulă formată de râul Aare, dar din secolul XIX cartiere noi s-au format dincolo de râu, care sunt accesibile prin poduri înalte.